Δύο διαφορετικές έρευνες παραγγέλθηκαν από την Εισαγγελέα του Αρείου Πάγου, Ευτέρπη Γκουτζαμάνη για την υπόθεση των καταγγελιών του πρώην υπουργού Γιάννη Πανουση, όπως επίσης και για τη μηνυτήρια αναφορά που κατέθεσαν κατά παντός υπευθύνου οι υπουργοί Νίκος Παρασκευόπουλος και Νίκος Τόσκας Και τις δύο υποθέσεις, τις ανέλαβε ο αντιεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Δημήτρης Δασούλας, ωστόσο οι δύο δικογραφίες δεν συσχετίζονται.
Στην πρώτη υπόθεση που αφορά τις καταγγελίες του κ. Πανούση και τα έγγραφα που προσκόμισε, ο αντιεισαγγελέας του Αρείου Πάγου που ανέλαβε την έρευνα καλείται να διακριβώσει τυχόν τέλεση αξιοποίνων πράξεων.
Σύμφωνα με νομικές εκτιμήσεις, τα αδικήματα που αναμένεται να διερευνηθούν είναι εάν έχει διαπραχθεί το κατά το άρθρο 157 του Π.Κ. «Βία κατά πολιτικού σώματος η της κυβέρνησης», το κατά το άρθρο 130 του Π.Κ. για «παράνομη βία», και τέλος «συμμετοχή σε αδίκημα που άφορα την κατάληψη της πρυτανείας κατά άρθρο 343 του Π.Κ.
Σύμφωνα με πληροφορίες στην παραγγελιά της εισαγγελέως του Αρειού Πάγου που αφορά την τελευταία πράξη αναφέρεται περιστατικό που είχε γίνει επί υπουργίας του κ. Πανουση εναντίον του. Η κ. Γκουτζαμανη ζήτησε ακόμη να διερευνηθούν και όσες άλλες πράξεις προκύψουν.
Επίσης η κ. Γκουτζαμάνη ζήτησε να διερευνηθεί εάν έχουν γίνει δικογραφίες που αφορούν επιθέσεις κατά του κ. Πανουση, στις 10/02 και 18/02 του 2009. Επίσης ζητείται εάν έχουν αρχειοθετηθεί οι υποθέσεις να ζητηθεί η ανάσυρση τους και να συσχετισθούν με τις τωρινές καταγγελίες και θα διενεργηθεί έρευνα και γι αυτές.
Στην άλλη υπόθεση που αφορά τη μηνυτήρια αναφορά των δυο υπουργών, όπως διευκρινίστηκε από την εισαγγελία του Αρείου Πάγου δεν στρέφονται κατά του κ. Πανουση άλλα κατά παντός υπευθύνου, αυτουργού η συμμέτοχου, ο κ. Δασούλας θα διερευνήσει όλα όσα αναρτήθηκαν στο διαδίκτυο ή δημοσιεύτηκαν σε τηλεοράσεις, ΜΜΕ κτλ και αναφέρονται στην υπόθεση καθώς δεν υπήρχε ενιαίο κείμενο.
Αντικείμενο της δικαστικής έρευνας που παραγγέλθηκε από την κ. Γκουτζαμάνη είναι να διερευνηθεί η γνησιότητα των εγγράφων που αναρτήθηκαν και να διαπιστωθεί εάν είναι ή όχι γνήσια. Επίσης, να διερευνηθεί εάν έχουν διαπραχθεί αδικήματα όπως υπεξαγωγή εγγράφου από υπάλληλο και από υπαίτιο που έκανε χρήση των εγγράφων. Επίσης παραβίαση υπηρεσιακού απορρήτου και παραβίαση καθήκοντος εχεμύθειας, αδικήματα που είναι σε βαθμό πλημμελήματος, και αφορούν το διοικητή της ΕΥΠ και υπάλληλους.
Η έρευνα αναμένεται να ξεκινήσει άμεσα με καταθέσεις μαρτύρων.