Επιπλέον, όσον αφορά τις Γεωγραφικές ενδείξεις προϊόντων, κάτι που αγγίζει ιδιαίτερα τη χώρα μας, η CETA αναγνωρίζει μόνο 145 ευρωπαϊκές ονομασίες προέλευσης τροφίμων από τις 1.400 περίπου που υπάρχουν στην Ευρώπη. Όσον αφορά τα ελληνικά Π.Ο.Π στη CETA συμπεριλαμβάνονται μόνο 16 από ένα σύνολο εκατοντάδων προϊόντων, ευτυχώς συμπεριλαμβανομένης και της Φέτας. Άλλο ένα ισχυρό μειονέκτημα της CETA αποτελούν τα Γενετικά Τροποποιημένα τρόφιμα. Ο Καναδάς συγκαταλέγεται στους τρεις μεγαλύτερους παραγωγούς Γενετικά Τροποποιημένων τροφίμων του κόσμου, και στα πλαίσια της εναρμόνισης των κανονισμών των δύο μερών ανοίγει διάπλατος ο δρόμος για την εισδοχή τέτοιου είδους τροφίμων και στην Ε.Ε.