Ο Κωστής Παπαϊωάννου ήταν Γενικός Γραμματέας Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων από τον Μάρτιο 2015 ως τον Νοέμβριο 2016 οπότε και παραιτήθηκε. Ήταν επίσης Πρόεδρος του Εθνικού Συμβουλίου κατά του Ρατσισμού και της Μισαλλοδοξίας. Από το 2006 ως το 2015 εκλεγόταν Πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου. Πρωτοστάτησε στη σύσταση του Δικτύου Καταγραφής Περιστατικών Ρατσιστικής Βίας. Παλιότερα ήταν για χρόνια Πρόεδρος του ελληνικού τμήματος της Διεθνούς Αμνηστίας και μέλος ΔΣ της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και του Πολίτη. Από τις εκδόσεις Μεταίχμιο κυκλοφορεί το βιβλίο του «Τα καθαρά χέρια της Χρυσής Αυγής: Ασκήσεις ναζιστικής καθαρότητας». Από την Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου κυκλοφορεί η μπροσούρα του «Ας μιλήσουμε καθαρά για την Ακροδεξιά».