Τραυματισμένος και αιχμάλωτος, ο Τσε εκτελέστηκε στα 39 του χρόνια. Ήταν 9 Οκτωβρίου 1967. Η σορός του παρουσιάστηκε στους δημοσιογράφους και εξαφανίστηκε για τρεις δεκαετίες, μέχρι να βρεθεί το 1997.
