Ένα μαγικό πλασέ στο Euro 1996 τον έκανε παγκόσμια γνωστό. Μερικά χρόνια αργότερα, όμως, ο Κάρελ Πομπόρσκι έδινε τη μεγαλύτερη μάχη της ζωής του, όταν μια σοβαρή λοίμωξη από τσίμπημα τσιμπουριού τον οδήγησε στο νοσοκομείο, ακόμη και σε τεχνητό κώμα.
Ο εμβληματικός Τσέχος μεσοεπιθετικός αποτέλεσε βασικό μέλος της «χρυσής» γενιάς της Τσεχίας, που έφτασε μέχρι τον τελικό του Euro 1996 απέναντι στη Γερμανία. Το εκπληκτικό γκολ που πέτυχε στα προημιτελικά απέναντι στην Πορτογαλία συγκαταλέγεται στα πιο εμβληματικά της διοργάνωσης και του άνοιξε τον δρόμο για τη μεταγραφή του στη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ.
Στη συνέχεια φόρεσε τις φανέλες της Μπενφίκα, της Λάτσιο και της Σπάρτα Πράγας, ενώ με την εθνική Τσεχίας ξεπέρασε τις 100 συμμετοχές και πρωταγωνίστησε και στο εντυπωσιακό Euro 2004.
Μετά το τέλος της καριέρας του, η ζωή του πήρε δραματική τροπή. Μια λοίμωξη από τη νόσο Lyme προκάλεσε σοβαρή φλεγμονή στον εγκέφαλο, με αποτέλεσμα να εμφανίσει νευρολογικά προβλήματα και παράλυση στους μύες του προσώπου. Οι γιατροί τον έθεσαν σε τεχνητό κώμα, ενώ ο ίδιος έχει παραδεχθεί ότι αν είχε μεταφερθεί μία ημέρα αργότερα στο νοσοκομείο, ίσως να μην είχε επιζήσει.
Έπειτα από τρεις εβδομάδες νοσηλείας και εντατικής θεραπείας με ισχυρά αντιβιοτικά, κατάφερε να αναρρώσει πλήρως. Από τότε επέλεξε να ζει μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας, παραμένοντας, ωστόσο, μία από τις πιο εμβληματικές μορφές του ευρωπαϊκού ποδοσφαίρου της δεκαετίας του ’90.
